吴元年十月二十一日，朱元璋命徐达为征虏大将军、常遇春为副将，率军25万北进中原。其后明军只用了九个月就攻克元大都，元顺帝逃亡塞外，蒙元在中原的统治也宣告结束。
这辉煌的成就也引起了不少朋友的疑惑，当年纵横欧亚的蒙古人怎么变得这么“菜”了？更让人疑惑的是，朱元璋在挥师北伐前，一直在南方和陈友谅、张士诚、方国珍等割据势力大乱斗。
在这十几年里，元廷为什么不趁机将各路义军一网打尽，反而坐视朱元璋一步步壮大呢？是朱元璋太强，还是蒙古人不仅战斗力连智商也退化了？
元朝末期由于元顺帝的昏庸以及脱脱帖木儿盲目推行“大有为”政策，导致帝国内部失衡、紊乱，进而引发了全国范围内的大起义。各路义军中的“红巾军”（刘福通部）发展极为迅猛并给予蒙元很大的打击。北伐一度逼近大都，让元廷的统治变得岌岌可危。
不过蒙元也展现出自己不俗的韧性和实力。在察罕帖木儿的统领下，蒙元用了不到一年的时间击溃了势头强劲的红巾军。并收复山东、河南等地，并将红巾军向南逐出中原。
面对强悍的察罕帖木儿，南方各割据势力纷纷主动示好。例如张士诚献几十万石粮食、朱元璋则遣使求官意图招安。但是在形势一片大好的情况下，蒙元自己却把自己推入了深坑 – 持续的争权内乱。
首先察罕帖木儿和孛罗帖木儿一直争权夺利、矛盾重重，最后发展到刀兵相向，元顺帝居中讲和也无法改善二者之间的关系。可以说蒙元被一分为二，各自为战。这严重影响了元廷平叛的速度和效率，不然朱元璋可能就没有北伐的机会了。
其次察罕帖木儿对元廷的傲慢态度也激化自己内部的矛盾，这导致他在围攻红巾军在中原最后的据点益都时，被降将田丰刺杀身亡。南方各路义军可谓集体长舒一口气，用朱元璋的话说“天下无人矣”。
察罕帖木儿的意外身亡虽然对元廷的平叛事业打击巨大，但是元廷还是占据优势。因为察罕帖木儿的继承人扩廓帖木儿（汉名王保保）也是个牛人，他一上任就攻克了益都，彻底清除了中原红巾军势力。
但蒙元未能继续南下清剿各路义军。
元顺帝的奇皇后为让自己的儿子（皇太子爱猷识理达腊）尽快登基执掌皇权，联合朝中势力（丞相搠思监等）架空了元顺帝并欲迫其禅位。勃罗帖木儿以“清君侧”的名义发兵元大都，而王保保则被元廷诏令讨伐勃罗帖木儿。
虽然王保保还未出兵勃罗帖木儿就攻克大都并赶走了皇太子，但在旧怨之下王保保站到了皇太子一边。蒙元陷入了更为严重的内耗，皇太子、王保保和元顺帝、勃罗帖木儿这两派为争夺至高权利而大打出手。
至正二十四年皇太子一派在内斗中获取了胜利，但是蒙元的内乱远未停歇。因为皇太子很快就与元顺帝和解，大家一起看王保保这个大军阀不顺眼了。
虽然元廷此时诏令王保保南下平叛，但王保保哪里会有这个心思，他怎么都觉得朝廷是想“借刀杀人”消耗自己。因此王保保不但不奉诏平叛，还在自己辖区大肆清洗朝廷官员，并向西出兵，意图占据关中自立为王。
而此时陕甘一带由支持元廷的汉族割据势力李思齐、张良弼等控制着，为争地盘各方爆发大乱斗。
此时的元顺帝非常尴尬，他的圣旨、劝告全部无用，只能在一旁“等候”最终权臣的诞生。而且由于朝廷财政的崩溃，元顺帝和元廷还得靠张士诚、方国珍的钱粮上贡度日。两千多年皇帝、朝廷各有各的难，但是靠“反贼”度日的貌似也不多见。
所以朱元璋在南方和陈友谅、张士诚、方国珍等缠斗时，元廷不是无视平叛良机。而是根本就没有抓住这个机会的能力，自己内部打得比南方义军们更热闹。
至正二十七年，朱元璋统一了南方，而此时北方各路势力还未分出胜负。天赐良机岂能错过，所以朱元璋毫不犹豫地决定挥师北伐。
北伐的过程比朱元璋预料的更顺利，元廷不仅组织不起有效抵抗。明军向大都逼近时，王保保、李思齐等面对元顺帝的勤王呼救，都呆在自己的地盘并安静地“看戏”。元顺帝逃亡塞外，也不是他胆小懦弱，而是他当时没有抵抗明军的资本。
由此可以看出，并不是一百多年的安逸生活让成吉思汗的子孙堕落、变弱了。而是蒙元严重的内斗、内耗整垮了自己。
但是我们也不能说，朱元璋的北伐是捡漏、占便宜。因为“北伐蒙元”并不是占领元大都就结束了。
攻克大都后，蒙元不仅盘踞塞外，山西、陕西、甘肃、青海、云南、辽东等地还在蒙元的统治下，蒙元的有生力量仍然十分强大。朱元璋在创立明朝后，针对这些地域又发动了一系列的征战。
洪武元年，徐达、常遇春率军西征发动“太原之战”。此战明军大胜，夺取山西并将王保保驱赶至甘肃。
洪武二年，常遇春、李文忠率军发动“开平之战”。此战明军攻克元上都（今内蒙古上都镇）并置开平卫，阻挡塞外蒙元向南渗透的企图。
洪武三年，徐达、李文忠、冯胜等兵分两路出塞追击北元至应昌、庆州而还，俘元主孙买的里八剌和后、妃、省院等官员，进一步打击了塞外的北元势力。
同年三月，徐达又率军十万发动“定西之战”。此战王保保麾下的北元精锐尽数被歼，王保保放弃甘肃逃往和林。徐达也乘机扩大战果收复汉中、招抚青藏吐蕃各部，将整个西北纳入明朝版图。
洪武五年，明朝倾全国之力（出兵不多，但战马、粮草、辅运等所需巨大）针对蒙元组织了第二次北伐。然而这次北伐不仅未实现原定的战略目标，明军主力中路徐达部也在岭北遭遇大败。
此战虽然是太祖在诸将的鼓动下决定的，但也从侧面反映了遭受多次打击的北元势力仍不容小觑。由于战马损失极为惨重，也改变了明朝的对蒙战略，此后十五年明朝再未针对北元组织大规模的出击。
洪武十四年，太祖命傅友德为征南将军，蓝玉、沐英为副，南征云南。当年末故元梁王自缢，明军收复云南，后留沐氏永镇云南。
洪武二十年，积蓄多年的明朝再次对北元发起征伐。
先是通过“金山之役”降服元太尉纳哈出并收复辽东，后太祖又遣蓝玉率大军讨伐北元。蓝玉不负众望，在捕鱼儿海获大捷。俘获元主脱古思帖木儿的次子地保奴及故太子必里秃妃并公主等一百二十余人，官属三千，军士男女共七万余，脱古思帖木儿和长子天保奴在逃亡途中也被也速迭儿擒杀。
经此战“黄金家族”势力才被彻底击溃，再也无法有效统治蒙古诸部。蒙古回归到分裂的局面，也无法再对中原形成倾覆性的威胁了。对于明朝而言漫长的北伐至此才告终结，这也是太祖盛赞蓝玉堪比卫青、李靖的原因。
