关于靖难之役中建文帝的下落，流传最广的一种说法是说他在南京城破时，就化妆为僧侣逃离，不知所踪。而之后朱棣派遣郑和七下西洋，最主要的目的就是寻访建文帝的下落。叔叔坐了江山，侄子了却红尘，成了得道的高僧，甚至最后机缘巧合下相见，相逢一笑泯恩仇。这样的结局，似乎又太过于圆满，以致于毫无可信度。
关于建文帝的下落争议，其实根源在于《明史》的含糊其辞。《明史》记录了两个事件，一是“宫中火起，帝不知所终”，二是“燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。”朱棣率军攻陷南京城时，宫城之中有人放火，同时建文帝就消失了。之后朱棣在火堆之中找到几具烧焦的残骸，便认定建文帝已经自尽而亡。
建文帝的存在对于继位名不正言不顺的朱棣来说，是心腹之患，但是朱棣为何如此武断地认定建文帝真的已经葬身火海？包括后来在给朝鲜国王的诏书上还特意提及“不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃。”
在各类记载靖难之役的史书中，都没有建文帝自尽的确切证据。朱棣凭借几具残骸和烧成灰烬的衣服来判断，确实难以服众，起码《明史》就不信。
《明史》在建文帝本纪后，还特意补充了两句
“或云帝由地道出亡”、“滇、黔、巴、蜀间，相传有帝为僧时往来迹”。
《明史》总编张廷玉是清代名臣，他最后为建文帝结局加上的这两种可能，自然不是空穴来风，而是自明初之后，建文帝逃亡民间的传闻一直就没有停止过。
对于朱棣来说，他需要一个死去的建文帝，他才有登基之名。所以朱棣对外宣称建文帝自尽，并不意味着他真的确信建文帝已经葬身火海，而是他必须这么说，才能给天下一个交代。前君不死而后君继位，“奉天靖难”的谎就圆不上，朱棣也就永远摆脱不了乱臣贼子的罪名。
但《明史》说建文帝化妆僧侣从地道出逃，这种说法其实也难说权威。朱棣的燕军将南京城围得水泄不通，城内又有李景隆、朱橞这样的开门请降之辈。一个如此显眼的皇帝和尚，又怎能骗过几十万人的眼睛，逃出南京？
就算真的从地道逃离南京，身边最多只有几个亲信太监、侍卫的建文帝，并没有可用证明自己和尚身份的度牒，毕竟“僧道给度牒”的明文规定是他爷爷朱元璋亲自颁布的。一个无名无姓，没有身份的和尚，又怎能千里逃亡，跑到西南、巴蜀做和尚。身份可疑的建文帝，怕是都出不了南京郊外。
那如果说自尽和出家为僧都不可信，建文帝的真实结局又是如何呢？知道这一点的，恐怕也只有朱棣和建文帝他们自己了。朱棣不想见到一个活着的建文帝，所以南京城破的那一刻，
建文帝就绝对没有生还的可能，幽禁的下场都不会存在
。所以怎么死，如果建文帝自己不能决定，那么朱棣一定会帮他决定，只是最后朱棣不敢将真实的历史说出来罢了。
