朱允炆以全国对一隅，结果四年败北，要说他的战略没有问题，显然是不可能的。而且，朱允炆的问题全部暴露在了战略全局方面，战略规划、武将选拔、军队调派方面全部暴露出了巨大缺陷。
战略规划方面：既想当婊子又想立牌坊
这一点，体现在朱允炆的整个削藩过程中。削藩其实并没有问题，但朱允炆却缺少削藩的雷霆手段，一方面想要彻底铲除藩王们对自己的威胁，另一方面则不想因此对自己的名望有所损伤。于是乎，他每次要削藩，总会给这些王爷罗列罪名，以此作为削藩的借口。
可笑的是，朱允炆给这些王爷罗列的罪名，竟然大多都是谋反，以谋反罪削其爵位，不仅名正言顺，而且还能体现出自己宽宏大量的一面，毕竟谋反可是重罪，不被杀就已经要感恩戴德了。可朱允炆完全是一厢情愿，王爷们并不傻，文武百官也不傻，天下百姓更不傻，朱元璋刚刚去世一年，这么多王爷就突然全要造反了吗？尤其是湘王朱柏不堪受辱举家自焚，更是狠狠扇了朱允炆一记耳光。
朱允炆的削藩之举，就是典型的“既想当婊子又想立牌坊”，不仅给了朱棣充分的准备时间，而且还丧失了百官和天下人心，这是造成之后靖难之役中，朱允炆虽坐拥天下，却根本无法调用天下资源的主要原因。
再说靖难之役中，朱允炆任命耿炳文为帅，竟然对其说“今尔将士与燕王对垒，务体此意，毋使朕有杀叔父名”。朱允炆要耿炳文体会自己的意思，他什么意思呢？显然就是在暗示耿炳文“只要死燕王，不要活朱棣”，这可是摆明了要主帅替自己背黑锅，可是主帅敢背吗？弄不好回来还是个死，这反而让前线主帅束手束脚了起来。
武将选拔方面：畏手畏脚，任人唯亲
整个靖难四年，朱允炆先后任用耿炳文、李景隆、梅殷三人为帅，这里面除了耿炳文曾有一定的战阵经验外，李景隆只参与过练兵，却从无带兵经验，而梅殷更是只有过一次检阅凤阳留守司军队的经历。
结果呢？耿炳文这个唯一有过战阵经验的老将，在初战失利之后便被撤换，换上了由黄子澄推荐的李景隆，结果呢？李景隆率领大军五十万却在郑村坝之战中遭遇惨败，朱允炆竟然没有撤换他，反而派遣援军之后鼓励其再战，结果白沟河一战差点全军覆没，如果不是铁铉、盛庸坚守济南，这一次朱允炆就已经危险了。
然而嘴周，朱允炆更是派遣出了没有一点经验的驸马梅殷，甚至连保卫京城的京营都抽调出来交给了他，让其镇守淮安。结果这位老兄果然就扎在了淮安，朱棣大军在附近交战，他不闻不问；朱棣大军南下渡河，他仍然不闻不问；朱棣大军抵达南京，他还是不闻不问。
虽说朱元璋临死之前将功勋阶层杀的差不多了，可朝廷真的没有能征善战之将了吗？从整个靖难过程来看，平安、徐辉祖、瞿能等人表现极为出色，然而却始终未得重用，有的是畏手畏脚、不敢大胆启用，有的则是因为与朱棣有关，不敢予以重用。
更可笑的是，在朱棣大军已经杀到南京城下之际，朱允炆竟然再度启用李景隆和谷王朱橞镇守金川门，结果李景隆和朱橞两人大开城门，放燕军入城，固若金汤的南京城就此失守。
军队调派方面：不该动用京营力量
其实纵观整个靖难四年，朱棣虽然屡战屡胜，但实际上大多数时间都仅仅局限于河北、山东地界，其他各地名义上仍在朱允炆的掌握之中，然而朱允炆先后动用近百万军队，却始终征调的京城周围军队，这应该与明初藩王拥有兵权有关，朱允炆怕各地军队不够忠心，不敢予以征调。但他最大的失误则在于，不应该动用京营的力量。
洪武年间，为了保证京城的安全，设有京军有48卫，按照明朝制度，每卫满编5600人，光是京营就有多大27万的军队，如果再加上京城内部的兵力和京城周边的兵力，这支军队至少有近40万。如果朱允炆没有抽调京营的兵力，凭借这40万兵力，朱棣很难在度过长江之后，便一口气顺利杀至南京城下，进而攻破拥有完备防御工事的南京城。当然，南京城破有李景隆大开城门的功劳。
除了以上问题外，朱允炆任用方黄齐三人，导致朝廷一片乌烟瘴气，军队人心丧失，各地守军纷纷反叛，同样也是造成朱允炆失败的主要原因。
