玄武门之变，太子李建成，李渊四子李元吉全死于秦王府箭下，李世民让身着甲衣的尉迟恭面见李渊。知晓两个儿子都已身死的消息后，李渊算是彻底收起了心思，将秦王李世民封为太子，并下令，从那以后的政务都先上交太子，然后由太子传给李渊。言下之意已经很明了，李渊害怕了。
早先李渊起兵发迹时，早就想到了政变这个问题。秦王李世民才能举世无双，军中威望无人能比，因而无官可赏。可太子之位已经给了李建成，李渊选择了纵容。他是希望看到一个胜者为王的局面的，可以说，秦王造反，李渊猜想过，只不过没掌控好局面，不小心玩脱了。
早在玄武门兵变以前，李建成就已经对秦王有所不满，李世民军功卓著，声望太大，再加上手握重兵，势必会是个麻烦，李渊虽立建成为太子，并没有给他很大的政治帮助，随着秦王势力的扩大，东宫开始先下手为强。可惜政变失败，兄弟两人成了刀下亡魂，至此李渊已经不能再说什么，相反还得在在金銮殿安抚李世民，说自己早就想立李世民为太子，并痛哭不止。当时的李渊一定是发自内心感到痛苦而流泪，但肯定不是后悔没立二儿子当太子。
李建成被杀后，原先太子集团的势力还有部分保留，比如丞相裴寂，只不过此人权利一天天被打压，最后不了了之。作为太上皇，李渊自然知道儿子不杀自己，但自己手中也没什么权利，只能每天在宫里享福，这倒是和他起兵前的生活日常很相似。然而就是在这段时间，李渊还是给李世民留下了不小的麻烦。
从退位到驾崩先后九年，李渊唯一能做的也就是多播播种，那段时间里，李世民多了三十多个兄弟姐妹，最小的兄弟比自己儿子还要小。比如二十二子李元婴，此人艺术素养极高，就是生活作风让人不满。山东封邑，苏州，隆州，李元婴每到一处地方都会大兴土木，闹得民不聊生，被当地人在背后指着脊梁骨唾骂。因为是李世民的兄弟，只要不犯政治错误，李元婴就敢无视朝廷的警告，相反李世民李治父子俩拿他却一点办法也没有。或许，这便是李渊死后唯一能给李世民留下的惩罚。
