君臣关系是中国封建社会里主要的社会关系，它的处理是政治道德生活的主要内容，其处理是否合理直接关系到天下的安危和民众的利益。相对于以往封建朝代而言，由于受多种因素的影响，明朝的君臣关系要复杂得多，其处理也充满着不确定性。总体而言，明朝君臣关系的处理经历了一个由相对简单到复杂、由比较正常到扭曲的过程。
明朝的君臣关系是比任何以往朝代及后来的清朝复杂得多的关系，有些处理君臣关系的方式是滑稽可笑的，按照儒家的伦理道德要求和明朝的法律来衡量也是不正常的。
明朝君臣关系之所以会出现不正常、扭曲甚至冲突，其原因主要有如下几个方面：其一，权力冲突。臣子的职位虽然是皇帝所任用的，但是，在其使用过程中，可能会与皇帝的权力发生冲突。明太祖朱元璋之所以不信任跟随自己出生入死打天下并帮助自己治理天下的丞相胡惟庸，就是因为所有官员的章奏和国家事务都要“关白”中书省，并主要由胡惟庸选择、决策，实际上拥有比朱元璋的权力更多的权力。于是，朱元璋感觉到自己的权力受到了威胁，就以“谋不轨”的罪名诛杀了胡惟庸，裁撤了中书省。于谦之所以被英宗朱祁镇处理，就是因为在朱祁镇被蒙古瓦剌部首领也先俘获之后，于谦在代宗朱祁钰上位治理国家中起了非常重要的作用、果断地拒绝也先以朱祁镇为筹码讨价还价、坚决地反对京都南迁的提议，即使在迎接朱祁镇回京城和应该以什么样的礼仪予以迎接的问题及抵御蒙古瓦剌部的进攻上同样起了不可替代的作用。世宗朱厚熜之所以会在嘉靖三年（1524年）的“大礼”之争中那样对待杨廷和及其同党们，就是因为在无子的武宗朱厚照死后，杨廷和等人认为朱厚熜打算追封其父亲兴献王为皇帝的做法会搞乱明朝帝王的血统，于礼不合，多次上疏反对，没有拥戴朱厚熜的统治，与朱厚熜相对抗，无形中膨胀了内阁尤其是首辅杨廷和的权力。
其二，追求私利。人作为有血有肉的存在者，是不可缺少生活资料的，因而，他必定会需要可以满足其生存发展需要的利益。不过，在现实社会生活中，并不是任何人都只需专注于其私人利益的。普通百姓可以，而作为国家的治理者是万万不可如此的。可是，明朝的官吏却正好相反。明代初期，“士风淳朴，绝无巧伪，勉修职业，不务虚名，故事治民安，国家赖之。正德以来，士多虚誉而希美官，假恬退而图捷径。或因官非地，或因职业不举，或因事权掣肘，或因地方多故，辄假托养病致仕，甚有出位妄言、弃官而去者，其意皆借此避祸掩过，为异日拔擢之计，而往往率遂其所欲令人啼笑皆非的是，明朝皇帝竟然也加入到孜孜追求私利的队伍中，不顾正直臣子的劝谏，“勇于敛财”，哪怕是以民众的生命为代价也在所不惜。这样，应该以实现国家利益和人民利益的君臣关系，就扭曲成了皇帝与臣子在私利方面讨价还价的关系，可以满足自己的私利的人，就与其合作；不可以满足自己的私利的人，就分道扬镳。
其三，意气用事。对于居于庙堂之上的帝王，百官的意见如果对于自己没有什么用处或者对自己有着什么不利的地方，帝王就会想尽办法和自己手下的臣子对着干，尽量不能让他们如愿。其四，沽名钓誉。作为一代臣子，这些百官想的只是如何让自己流芳百世，为后世所称颂，他们的处世方式有着一种极端的行为，可能超过了道德的约束，但是，只要达到了自己的目的，在他们的眼中，一切尽是可为。
一个王朝，最大的问题必然是自身。大明王朝自身的腐朽让它的身边处处受敌，受到各方敌人的威胁，让他最终成为没落王朝的队列，如要认真分析，所有的问题都是自身的原因。
