虽然元朝的统治比较残暴，汉人在其统治下地位低下、生活悲惨，但在明朝统一全国之后，事实上对蒙古人还是比较仁慈的，明朝帝王对于各民族的百姓基本做到了一视同仁，不仅不允许随意杀伤蒙古人，虽然在政策上要求居于内地的蒙古人积极汉化，但在北部实际上是给与了一定的自治权，而终明一朝，在朝廷为官的蒙古人其实也不在少数。
一视同仁，促其汉化
在推翻蒙古政权之后，朱元璋虽然对北元朝廷紧追不放，但对于境内的蒙古人却是比较仁慈的，但前提是他们必须积极进行汉化。
朱元璋在《讨元檄文》中就说过，只要蒙古人诚心投降，他不会对蒙古人横加杀戮。朱元璋确实也做到了，对于留在境内的蒙古人，他基本做到了一视同仁，不允许汉人擅自杀戮。当然，这也是由于元末乱世之后，恢复生产需要大量人力的原因，同样也是由于北元仍然急剧威胁，需要拉拢蒙古人的原因。
当然，为了化解民族矛盾，他主要实行了三项政策，一是要求蒙古人必须改为汉姓，使用汉族文字，学习说汉语。二是不允许蒙古人继续穿戴蒙古服饰，必须穿汉服。三是蒙古女人不允许和蒙古男人通婚，而必须与汉人通婚，否则便被归入奴籍，甚至处死。
通过以上三种措施，加速了蒙古人的汉化，境内的蒙古人很快就被基数更加庞大的汉人给同化掉了。
北部设立蒙古卫所，给予一定自治权
鉴于在大明连续攻击下，北元有很多部落陆续归降大明，明朝先后在东西部、漠南南部、甘肃北部和哈密一带设立了20多处蒙古卫所，给予其一定的自治权，以安其心。
在这二十多处蒙古卫所中，卫所长官仍然由蒙古的封建领主所担任，其生活生产方式仍然如旧。通过采取这种方式，不仅吸引了更多的北元残部投降，而且在大明的北部边境，由这些亲明的蒙古部落形成了一道屏障，较好的维护了北部边境的安定。
同时，要知道唐朝皇帝一样，明朝皇帝在蒙古人眼中也是称自己为“汗”的，这是一种比较明确的政治信号，等于是将自己同样定位为蒙古人统治者的。
漠南蒙古亲明，蒙古各部长期分裂
在明初对北元朝廷进行多次打击之后，北元朝廷很快就失去了对蒙古各部的统治，从明初一直到明末，蒙古各部长期处于分裂状态。
蒙古先是分裂为东西两部，东部蒙古游牧于漠南和漠北，以黄金家族后裔为可汗，被称之为鞑靼，在朱棣北征蒙古时遭到了毁灭性打击；西部蒙古则主要游牧于漠西，被称之为瓦剌，在鞑靼势弱之后，曾一度崛起。
十五世纪，蒙古各部被达延汗重新统一，一度短暂崛起。但达延汗去世之后，蒙古各部再度分裂，主要分为漠南蒙古、漠北（喀尔喀）蒙古，漠西（厄鲁特）蒙古三部分，其中漠南蒙古的西部的俺答汗注意与明朝修好，发展贸易关系，与大明关系较为融洽。
女真在辽东崛起后，与以喀尔喀为主的漠北蒙古联盟，并先后征服了漠南蒙古各部。此后，清军入关，并最终与康熙年间（1757年）平定准噶尔部落，至此蒙古各部完全置于清廷统治之下。
